Preceduta da un protichetto d'età rinascimentale ed affiancata da un campanile cilindrico di circa il X secolo, alto più di 38 metri e caratterizzato da una serie ascendente di aperture, la basilica di S.Apollinare Nuovo fu eretta poco prima del 526 dal Re Teodorico, che la destinò al culto ariano, dedicandola al Salvatore. Dopo la cacciata dei Goti la chiesa, verso il 561, fu riconciliata al culto cattolico e fu dedicata a S.Martino, Vescovo di Tours. Verso la metà del IX secolo il sacro edificio cambiò ancora una volta denominazione, perchè, essendovi state trasportate le reliquie di S.Apollinare, che fino ad allora eran custodite nella basilica extraurbana di Classe, fu da quel tempo chiamata S.Apollinare Nuovo. L'interno della chiesa, che misura m 42 x 21, è diviso in tre navate mediante due file di dodici colonne ciascuna, le quali, insieme col pavimento, all'inizio del sec. XVI furono rialzate di m 1,20 rispetto al livello originario. Sulla linea di divisione tra la navata mediana ed il vano absidale sono state collocate tre transenne marmoree ed un pluteo. Al centro del presbiterio si ergono quattro colonne di porfido, sormontata da tipici capitelli bizantini, le quali dovettero far parte dell'antico ciborio posto a copertura dell'altare. Dall'inizio del XVI secolo il soffitto è a cassettoni. Originariamente la decorazione musiva ricopriva anche l'abside ed il muro di controfacciata; oggi riamane solo quella lungo le pareti laterali della navata centrale, che s'articolano in tre fasce orizzontali sovrapposte: la prima corre in alto vicino al soffitto, la seconda si sviluppa negli interspazi delle finestre, la terza si svolge nella zona più bassa, immediatamente al di sopra degli archi sorretti dalle colonne. Tutti i mosaici sono dell'età di Teodorico ad eccezione delle zone mediane delle fasce inferiori delle due pareti, che risalgono a poco dopo la metà del VI secolo, allorchè la chiesa fu riconcigliata al culto cattolico.