Attraversando il portichetto, in cui si accede attraverso il prato vicino alla Chiesa di S.Vitale, sulla sinistra, si entra nel Museo Nazionale, che dal 1913-14 ha sede nei chiostri e nei locali superiori dell'ex Monastero benedettino.
Nel primo chiostro nel 1950 sono stati affissi alle pareti soprattutto monumenti scultorei e di carattere epigrafico.
Nel secondo grande chiostro dalle colonne binate sono racolti monumenti scultorei ed architettonici d'età romana, paleocristiana, bizantina, romana, gotica rinascimentale e barocca.
Al centro del terzo chiostro, eretto alla fine del sec. XVIII, domina la statua bronzea di Alessandro VII Chigi.
Alle salette superiori del Museo si accede da uno scalone posto fra il I ed il II chiostro. In questi quindici ambienti sono esposte raccolte di bronzi, di marmi , di vetri, dimonete, di medaglie, di icone, di stoffe, di armi, di avori e di ceramiche. Di notevole interesse vi sono alcune erme marmoree di personaggi greci, rinvenute nel Mar Adriatico fra il 1936 ed il 1938; le transenne del VI secolo provenienti dalla chiesa di S.Vitale; le stoffe preziose del IX secolo e delle caratteristiche ceramiche.